El italiano Antonio Fuoco estaba al volante del auto 499P que comparte con el español Miguel Molina y el danés Nicklas Nielsen cuando Ferrari puso fin a la racha de seis poles sucesivas de Le Mans del campeón Toyota.
"Se siente increíble, frente a toda esta gente. Ferrari está de vuelta después de 50 años y obtuvimos una pole position", dijo Fuoco a la televisión Eurosport después de la sesión de hiperpole de 30 minutos.
"Fue una muy buena vuelta, una clasificación muy dura".
El auto hermano número 51, compartido por el italiano Alessandro Pier Guidi, el británico James Calado y el ex piloto de Fórmula Uno Antonio Giovinazzi, calificó 0,773 más lento que la vuelta de la pole de tres minutos 22,982 segundos.
El Toyota híbrido número ocho de los campeones defensores Sebastien Buemi de Suiza, el neozelandés Brendon Hartley y el japonés Ryo Hirakawa clasificó en el tercer lugar.
El Porsche 963 compartido por el francés Mathieu Jaminet, el brasileño Felipe Nasr y el ex ganador británico Nick Tandy se clasificó cuarto.
El Toyota número siete del japonés Kamui Kobayashi, el británico Mike Conway y el argentino José María López se alinearán quintos y por delante del Cadillac conducido por el dos veces ganador de Nueva Zelanda Earl Bamber y los británicos Alex Lynn y Richard Westbrook.
La sesión de clasificación se vio con bandera roja con cinco minutos y 15 segundos aún en el reloj cuando el Cadillac número tres conducido por Sebastien Bourdais, nacido en Le Mans, se detuvo en la primera chicane después de incendiarse.
Bourdais había marcado el tercer mejor tiempo pero fue eliminado por provocar la bandera roja y el coche se clasificó octavo.
Kobayashi también perdió su mejor vuelta, lo que permitió a Nasr tomar el cuarto lugar.
La última pole de Ferrari en Le Mans la logró el italiano Arturo Merzario en 1973, la última vez que la marca italiana ingresó como equipo de fábrica en la máxima categoría.
Le Mans celebra el 100 aniversario de las primeras 24 Horas celebradas en 1923.