Tsunoda ha puntuado en cinco de las ocho carreras disputadas hasta el momento con el equipo con sede en Italia y RB dijo que había activado una opción para mantenerlo.
"Estoy muy contento de quedarme con Visa Cash App RB y es una buena sensación tener mi futuro decidido tan pronto en el año", dijo en un comunicado.
"El equipo tiene un gran proyecto de desarrollo por delante y estoy emocionado de formar parte de él. Es estupendo saber que todo el mundo aprecia el duro trabajo que he realizado y que el equipo cree que puedo ayudarle a ascender más en la parrilla".
Las escasas posibilidades de Tsunoda de ascender al vigente campeón, Red Bull, se acabaron a principios de semana cuando confirmaron al mexicano Sergio Pérez.
El director del equipo, Laurent Mekies, dijo que el piloto de Honda, cuyo futuro era incierto ya que el fabricante japonés se asociará con Aston Martin a partir de 2026, había dado un paso adelante "simplemente fenomenal" este año.
"No deja de sorprendernos, carrera tras carrera", añadió.
"No hay duda de su velocidad natural, a la que ahora ha añadido un enfoque mucho más maduro, y esta combinación le convierte en un piloto muy rápido y consistente, y en un gran jugador de equipo".
El experimentado compañero de equipo de Tsunoda, el australiano Daniel Ricciardo, aún no ha sido confirmado para 2025 y RB también tiene al neozelandés Liam Lawson esperando entre bastidores.